Храм Святых двенадцати апостолов был построен в 1794 г. на фундаменте старинного храма. Прямо над входом в храм был вмонтирован камень с надписью : " 1357 в день сентября, начата эта постройка во время управления скромного мужа Симоне-де-Орто, консула и кастеляна". Накануне Крымской войны происходила перестройка храма и 8 июня 1875 года он был освящен во имя Святого Николая Чудотворца .
Во времена советской власти здесь размещались: Дом пионеров, клуб, отделение Осоавиохима. По проекту киевского архитектора Ю. Лосицкого в 1990 году Храм Святых двенадцати апостолов был восстановлен силами архимандрита Августина (+ 1996 г.), тогда еще протоирея Александра и освещен 13 июля 1990 г. во имя святых Двенадцати Апостолов..
Престольный праздник - 30 июня (13 июня).
В Храме Святых двенадцати апостолов хранятся мощи святого преподобного Сергия Радонежского, святого блаженного Василия и святого священомученника Климента Римского.
Наместник - игумен Борис.
Храм является подворьем Инкерманского монастыря святого Климента.
