Первым сезоном в истории «Севастополя» стал сезон 2002/03. Начало выдалось не очень удачным - четыре поражения в четырёх матчах, самым разгромным из которых стало домашние поражение в Кубковом матче с одесским «Черноморцем» — (0:6). Первый успех пришёл в 4 туре, 25 августа 2003 года, когда моряки в домашней игре победили «Титан» из Армянска (1:0). Далее до конца первого круга «Севастополь» на своём поле не потерпел ни одного поражения. По итогам дебютного сезона «Севастополь» занял 9 место в турнирной таблице.
Следующие два сезона «Севастополь» провалил. В чемпионатах 2003/04 и 2004/05 «Севастополь» занимает 10-е и 13-е места соответственно.
Переломным моментом стало назначение на пост главного тренера Сергея Пучкова, под руководством которого клуб в следующем сезоне борется за выход в Первую лигу, но занимает 3-е место, пропустив вперед «Николаев» и «Александрию».
В сезоне 2006/07 «Севастополь» досрочно вышел в Первую лигу. Наряду с успехом во Второй лиге команда добилась высоких успехов и в Кубке Украины, обыграв на своем пути представителей Первой лиги ахтырский «Нефтяник-Укрнафта» (2:0) и луцкую «Волынь» (3:0) и представителя Высшей лиги донецкий «Металлург» (4:1). Остановил успешное выступление моряков, донецкий «Шахтёр».
Дебютный сезон 2007/08 в Первой лиге для команды оказался не слишком впечатляющим. В 38 матчах команда одержала только 12 побед, и заняла 15-е место. Сезон 2008/09 оказался успешным, команда заняла 4-е место в чемпионате, уступив только «Александрии», «Оболони» и «Закарпатью».
Первую половину сезона 2009/10 «Севастополь» закончил на 1 месте, обогнав главного преследователя ФК «Львов» на 7 очков. Лучшим бомбардиром половины сезона стал игрок «Севастополя» Юрий Плешаков — он забил 11 мячей, также Плешакова впервые вызвали в молодёжную сборную Украины до 21 года. Также лучшими бомбардирами стали Александр Жабокрицкий и Андрей Шевчук, которые забили по 7 голов.
2 июня 2010 года после победного матча со «Львовом» (0:1), «Севастополь» вышел в Премьер-лигу Украины досрочно, единственный мяч в этой игре забил Артём Култышев. Позже стало известно, что главным тренером команды вместе Олега Лещинского будет Сергей Шевченко.
---.
Адрес Украина, г.Севастополь, ул.Сенявина 1, оф.12.
Тел./факс +38 (0692) 540357.
E-mail: pfksevastopol@sevsky.net.