Здание речного вокзала расположено на правом берегу реки Десны на территории Деснянского района Чернигова.
Со строительством речного вокзала связана скандальная ситуация: здание речного вокзала было построено в советские годы на месте неисследованного фундамента дома или церкви XII века. Фундамент застроили, не пустив туда археологов, а слой грунта, насыщенный археологическим материалом, выбросили в Десну.